Junto con la actividad pesquera, hay que considerar las alteraciones que se producen en el ecosistema marino. Es cada vez más frecuente encontrar información sobre el deterioro de playas y zonas costeras, y los accidentes de derrames petroleros acaparan los titulares de la prensa. Sin embargo, hay otras formas de degradación del medio marino, más difíciles de percibir, formas insidiosas inherentes a patrones tecnológicos de producción, tanto industrial como agrícola, estilos de vida y patrones de consumo de la sociedad. El deterioro de los océanos conlleva el del hábitat natural de los recursos vivos del mar, con lo cual la sobrevivencia de éstos puede verse afectada, o los hará migrar.
La contaminación atmosférica se deposita en los océanos y a ella se añade la de las aguas continentales, originada por el uso de agroquímicos en el sector agrícola --contaminación difusa-- y por el arrastre de sedimentos, el vertido directo en el mar, de las aglomeraciones urbanas e industriales costeras. Es así como la industria, la agricultura y las aglomeraciones urbanas imponen externalidades negativas a los pescadores, ya que el uso que hacen de los servicios de los océanos afecta negativamente los recursos biológicos marinos, reduciendo el volumen de capturas y/o incrementando el costo de las mismas. Lo que no se percibe es que también se imponen a sí mismos una externalidad negativa, ya que la oferta de recursos del mar disminuye, sus precios aumentan y con ello disminuye el bienestar de todos.
En síntesis, la gestión y el uso sostenible de los ecosistemas marinos tienen que enfrentar simultáneamente los problemas de contaminación y los de sobreexplotación de recursos. Si bien, estos fenómenos también se dan en ecosistemas terrestres, su complejidad es mayor en el caso marino. Por un lado, los mayores impactos sobre el ecosistema marino provienen de aglomeraciones urbanas e industriales; más de 60% de la población mundial ocupa una franja costera de menos de 60 km, porcentaje que aumenta con la expansión poblacional y su tendencia a concentrarse en el litoral. Esa población se siente totalmente ajena a la gestión de los recursos de los océanos.
El escaso o nulo tratamiento de aguas residuales urbanas es una causa de contaminación marina.
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